Le cortex préfrontal (zone cognitive et gestion émotionnelle) est touchée. L'hypocampe (l'apprentissage et la mémorisation) est hyper-sollicité. L'amygdale (principal centre de la peur) est en alerte. Le thalamus (capacités motrices et régulation des sensations) est aussi concerné. 4 zones essentielles du cerveau se retrouvent impactés par le traumatisme, ce qui va modifier la mémoire et les comportement de l'individu.

Avant le traumatisme, certaines zone préfrontales sont hypoactivées. L'imagerie cérébrale confirme l'hyperactivation de l'hypocampe et de l'amygdale pendant le traumatisme. Après le traumatisme, le cerveau maintient certaines zones en hyperactivité. L'imagerie cérébrale met en évidence un changement d'activité dans le cerveau.

Ecouter de la musique réactive le cortex préfrontal ; La créativité liée à la musique régule le cortex temporal ; Les émotions produites par la musique assainissent l'amygdale. L'imagerie cérébrale met en évidence les effets positifs de la musique sur un cerveau.

La partie qui intervient dans la cognition, l'émotivité et le contrôle moteur est bien plus actif ; mGluR5 qui joue un rôle dans la dépression et l'anxiété est également plus actif ; Le glutamate, important neurotransmetteur dans la gestion de l'attention est aussi plus actif. L'imagerie cérébrale démontre ques le cerveau autiste est plus en alerte.